N,O-Bis(trimetilsilil)trifluoroacetammide (BSTFA) (CAS: 25561-30-2) è utilizzato per la sintesi di intermedi farmaceutici. Utilizzato come reagente nella preparazione di ribosidi pirimidinonici e analoghi che mostrano proprietà anti-tumorali. BSTFA con trimetilclorosilano ha trovato applicazione nella gascromatografia (GC) e nella spettrometria di massa (MS). La BSTFA è simile alla BSA in termini di specificità di modifica e sono numerosi gli studi che hanno utilizzato entrambi i reagenti. Uno studio ha riscontrato che la BSTFA è superiore alla BSA nella stabilità del prodotto e nella resa del derivato. Un altro studio ha confrontato diversi donatori di trimetilsilile per l'end-capping della silice e ha osservato che il BSTFA era più reattivo del BSA ma meno reattivo del TMCim. Sia BSA che BSTFA sono stati utilizzati per preparare derivati ​​trimetilsililici di pirimidine e purine. BSTFA viene utilizzato per scopi analitici o come reagente chimico per la sintesi di molecole più complesse. È un reagente di sililazione utile in GC e GC-MS per la derivatizzazione di un'ampia gamma di gruppi funzionali in condizioni blande. Il BSTFA è un importante intermedio farmaceutico, che può ridurre la polarità dei composti contenenti idrossili e aumentarne la volatilità, rendendo i campioni più adatti per l'analisi GC. Essendo un reagente di silanilazione neutro delicato, non solo ha un'elevata reattività e una buona selettività, ma presenta anche i vantaggi di un'elevata resa di reazione e di un semplice post-trattamento. Viene anche utilizzato come inibitore DAT e inibitore SLC6A2. Viene comunemente utilizzato per derivatizzare acidi carbossilici, fenoli, steroidi, ammine, alcoli, alcaloidi e ammidi.